新西兰国旗最早是在1867年设计新西兰航海旗的图案标志时做为设计创意而出现的，不过因不能明显体现新西兰的特征被排除了。在两年后的1869年10月23日，新西兰航海旗上“NZ”字样被现在的南十字星座所替换，成为现在的国旗的最早雏形。
现在的国旗和那时的新西兰航海旗一样，不过当时的新西兰国旗是英国国旗，新西兰航海旗只能使用于海上的政府船上，不能用于内陆。后来在1899年，新西兰航海旗在旗子原来南十字星座的地方追加上一块白色圆盘状的底色将四颗红星星座图案围住。
1902年3月24日，英国国王爱德华七世（King Edward VII）批准了《新西兰国旗议案》（New Zealand Ensign Bill）议案。新西兰政府在6月12日发表公告，将原来是航海旗的南十字星座旗取代英国国旗，作为新西兰的正式国旗使用至今。
2014年10月29日，总理约翰·基表示现行国旗左上方的英国米字旗未能反映新西兰已脱离英国殖民统治的现状，且与澳洲国旗过于类似，宣布将推动更换国旗公投，并预计于2015年进行国旗样式投票，2016年进行是否更换国旗的最终投票。
2015年8月10日，新西兰政府公布由新国旗评选12人小组，从10,292件投稿中，选出40件入选作品，并于9月决选出4件作品，作为当年11月样式公投的投票项目，决定新国旗样式后，将于2016年2月进行是否更换国旗的最终投票。