1860年11月6日，美国选举新总统。亚伯拉罕·林肯虽然未能得到南部10个蓄奴州的任何选票，但得到了18个自由州中17个州的多数票，以绝对优势当选为美国第16任总统。
当时，奴隶制度的存废是美国民众关心的焦点。新总统林肯对待奴隶制度的态度引人注目。他反对奴隶制度，但并不主张立即废除南方现存的奴隶制度，更不同意用暴力手段消灭奴隶制度。他认为维护联邦的统一比废除奴隶制度更为重要，这是他同废奴派的不同之处。
尽管林肯并不主张立即废除奴隶制度，但是他的当选仍使南方奴隶主忧心忡忡，惶恐不安。他们把林肯对待奴隶制的态度比作剥去一圈树皮而使树木死亡的阴险手段，是一种“拥抱我们只不过是为了闷死我们”的策略。因此，林肯当选总统的消息一传到南方，奴隶主们就发出了战争叫嚣。1860年12月20日，南卡罗来纳州宣布脱离联邦。接着，密西西比州、佛罗里达州、亚拉巴马州、佐治亚州、路易斯安那州、得克萨斯州相继宣布脱离。
为了使林肯在就任总统时造成两个美国的既成事实，上述七个州匆忙联合起来，组成一个新的国家。1861年2月，它们在亚拉巴马州的蒙哥马利召开代表大会，宣布成立美利坚诸州同盟（简称南部同盟），还制定宪法，规定不得通过任何否认或损害对于黑人占有权的法律。2月9日，大会选举杰斐逊·戴维斯为临时总统，亚历山大·斯蒂芬斯为副总统。他们公然宣称，他们的政府是建立在黑人不能与白人平等的真理的基石之上的。
林肯就职前夕，美国出现了南北分裂的严重局面，内战的腥风血雨即将来临。
接着，林肯在阴冷的天气里向民众发表就职演说。他特别强调维护联邦统一的重要性，指出任何州均不得退出联邦而独立。他说道：“从宪法与法律观点来看，我认为联邦是不容分裂的；我将尽我所能，务使联邦法律在所有各州得到忠实贯彻，这是宪法本身所明确责成于我的。”在演说中，林肯还强调美国宪法并不禁止奴隶州使用黑人奴隶，他本人既没有权力、也没有意向去干涉南方各州的黑奴制。
林肯的主张说明，北方资产阶级希望以妥协求统一，以政治方式解决争端，避免内战。这是因为北方资产阶级中有相当一部分人同南方奴隶主在经济上有着广泛的联系，特别是要依靠南方的原料供应。但是，林肯言辞恳切的演说并没有唤醒奴隶主的良知，南方奴隶主早已决心在战场上同联邦政府决一死战。
1861年4月3日，南部同盟下令包围南卡罗来纳境内唯一尚由联邦军队控制的军事要塞——萨姆特堡。4月12日清晨4时30分，南部同盟军炮击萨姆特堡，由此揭开了美国内战的序幕。接着，弗吉尼亚、阿肯色、北卡罗来纳、田纳西四个州又先后脱离联邦，加入南部同盟。
美国内战是南北双方经济、政治、军事力量的全面较量。北方在人员对比上显然占有优势。美国当时共34个州中的23个没有脱离联邦，仅11个州参加叛乱。北方有人口近2200万，南方只有不到900万，其中黑人奴隶就占352万；北方的工业发展水平更远远超过南方，仅纽约一个州的工业产值就等于南部所有分离州的4倍，而且联邦政府还得到广大工人、农民、资产阶级、黑人奴隶的支持。
但是，由于南方拥有较为完善的军事组织，在内战前又做了充分准备，包括召回大批在西点军校学习的南方人等等，因而军事力量一度超过北方。相反，北方过分强调维护联邦统一而不敢提出废除奴隶制度的主张，对南方的军事力量估计不足，存有盲目乐观情绪。因此，在战争初期，北方在军事上一直陷于被动局面。
1861年7月21日，仓促南进的联邦军遭遇南部同盟军的猛烈阻击，在布尔河战役（又称马纳萨斯战役）中失利。联邦政府上下震惊，打消了3个月内速胜的预想，准备长期作战。
1862年2月，联邦军在西部和南部获胜，但在东部战场并不顺利。当年6月底至7月初，在里士满城外进行的“七日战役”中，联邦军队惨败，南军渡过波托马克河，北进马里兰州，威胁首都华盛顿。9月17日，兵力两倍于敌方的联邦军在安提塔姆阻击南军，获得胜利。
随着战争的深入，联邦政府通过了一系列进步的立法。1862年5月，林肯政府颁布《宅地法》，规定凡支持、拥护共和国的成年公民，从1863年1月1日起，只要缴纳10美元登记费，就可从西部领取160英亩土地，耕种5年后可领取土地执照成为该土地的所有者。《宅地法》极大地鼓舞了联邦军队中广大士兵的战斗热情。
1862年9月22日，林肯为了瓦解叛乱各州的战斗力，作为一种战时措施，在内阁会议上宣读了《初步解放宣言》（它不适用于留在联邦内的奴隶州）。宣言规定，自1863年1月1日起，所有叛乱各州境内的黑人奴隶即被视为自由人，可以应召参加联邦军队。9月24日，《初步解放宣言》公开发表。1863年1月1日，林肯正式签署《解放宣言》。该《宣言》产生了巨大的效果。南方奴隶成批地逃亡，他们纷纷来到联邦军队营地，要求参军杀敌。1863年，联邦部队中的黑人军团增加到58个，黑人士兵达到37482人。
林肯政府在军事上也实行了改革。早在1862年末，林肯就开始提拔在战争中涌现出来的军事人才。
这些革命措施和军事改革，大大地增强了北方军队的战斗力。1863年6月，南部同盟军罗伯特·李将军率73000人北上，希望在北方打赢一场战争，使欧洲列强承认南部的独立。米德将军率联邦军队在华盛顿以北的葛底斯堡迎战。7月1日双方正式列阵开战。通过三天激战，联邦军队取得胜利。南军只得冒着暴风雨撤回弗吉尼亚。葛底斯堡战役是到那时为止美国历史上流血最多的一次战役，是南北战争的转折点。联邦军死伤和失踪2.3万人，南军2.8万人。南军从此失去战略主动权，再也没能向北进军，联邦军队则转入了反攻。大约与此同时，格兰特率领的联邦军攻克了西部密西西比河上的重要据点维克斯堡，从而使整条密西西比河都控制在联邦军手中。
4个月以后，1863年11月19日，林肯总统在葛底斯堡国家公墓落成典礼上发表了举世闻名的葛底斯堡演说。他赞扬了阵亡的将士们，并激励人民为自由的新生和“民有、民治和民享”的政府而奋斗。
1864年初林肯改组军事领导，实行统一指挥作战，任命有卓越军事才能的格兰特为“全军大将军”（即指挥整个陆军的总司令，过去只有华盛顿享有过这个称号）。为了彻底摧毁南部同盟的经济力量和士气，格兰特指示威廉·谢尔曼进入南方，以便消灭南军的有生力量并破坏其作战资源。1864年9月，谢尔曼的大军攻下了南方最大的军事工业城市亚特兰大。两个月后，他领导进行了著名的“向海洋进军”，即从亚特兰大往东南海边的萨凡纳进军。谢尔曼的6万多大军所到之处，烧毁粮食、杀死牲畜和奴隶主的狼狗，捣毁厂房和机器，把铁轨烧红后拧成螺丝形，枕木付之一炬。许多黑人跟着大军前进，南部的奴隶主则惊恐万状。在一个多月的时间里，他们走完了480多公里路程。12月下旬，大军攻下了萨凡纳。
1865年春，谢尔曼将军乘胜由萨凡纳北上，准备与东线的格兰特会师。格兰特将军则不断收缩对里士满的包围圈。4月3日，联邦军占领里士满。4月8日，南部同盟军司令罗伯特·李率领的3万残军在距里士满约130公里的阿波马托克斯小村被7万联邦军队包围；9日，李将军率残部向联邦军队投降。长达四年的战争至此结束。
美国的统一，最终是通过战争手段来维护的。当然，内战不仅维护了美国的统一，它还使美国获得了使它最终成为超级大国的发展条件。