和父母户口分开证明亲子关系的方法有以下几种方法：
1、通过公安户政部门证明，找派出所开证明，一般来说公安户政部门存有户口信息，如果之前在同一个户口本上，存有亲子关系的信息，就可以证明了。
2、找户口所在的居委会开证明。居委会计生等部门，一般都存有居民怀孕生产的信息，通过这些查证也可以起到证明作用。
3、找到出生时医院开具的出生医学证明书。出生医学证明书是法定出具的证明亲子关系的权威证明。
户口证件一般都记录了亲属关系，如果户口分开，要证明亲子关系的，可以通过去户政管理部门开具亲子关系证明，除此以外，可以通过个人档案来证明，我国的个人档案审查严格，原始文件具有证明身份的法律效力。
【本文所涉及的法律依据】：：
《关于改进和规范公安派出所出具证明工作的意见》的规定
公民在办理相关社会事务时，无法用法定身份证件证明的事项，需要公安派出所开具相关证明的，由公安派出所根据具体情况予以办理。
亲属关系证明。曾经同户人员间的亲属关系，历史户籍档案等能够反映，需要开具证明的，公安派出所在核实后应当出具。
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