毒品犯罪案件中证据不足，如果案件在侦查阶段，公安机关应在侦查终结后撤销案件；如果案件在审查起诉阶段，检察院应作出不予起诉的决定；如果案件在审判阶段，法院应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条
在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
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