法律分析：
【1】从两处或者两处以上取得工资或薪酬，预缴税款时重复扣除了基本减除费用。
【2】除工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等收入，各项综合所得的收入累计导致适用综合所得年税率高于预扣率。
【3】预扣预缴时扣除了不该扣除的项目，年度合并计税时对扣除额进行了调减而导致个税增加。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第八条 有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。
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